حسب المادة التاسعة من القانون رقم 39 لسنة 2006 بشأن مكافحة الفساد تشكل قيادة الهيئة من أحد عشر عضواً ممن تتوفر فيهم الخبرة والنزاهة والكفاءة على أن تمثل في الهيئة منظمات المجتمع المدني والقطاع الخاص وقطاع المرأة.

ويشترط في المرشح لعضوية الهيئة أن يكون يمني الجنسية، وأن لا يقل عمره عن أربعين عاماً، وأن يكون حاصلاً على مؤهل جامعي على الأقل، وأن لا يكون قد صدر بحقه حكم قضائي بات في قضية من قضايا الفساد أو في قضية مخلة بالشرف والأمانة مالم يكن قد رد إليه اعتباره.

وحسب المادة التاسعة يقدم مجلس الشورى إلى مجلس النواب قائمة مرشحين تتضمن ثلاثين شخصاً ممن تتوفر فيهم الشروط المشار إليها أعلاه، ويزكي مجلس النواب عن طريق الاقتراع السري أحد عشر شخصاً من بين قائمة المرشحين، وترفع هيئة رئاسة مجلس النواب إلى رئيس الجمهورية أسماء الأحد عشر الفائزين بأغلبية الأصوات ليصدر قراراً بتعيينهم، وفي حال خلو مكان أي عضو من أعضاء الهيئة يصدر رئيس الجمهورية قراراً بتعيين المرشح الذي يلي الأحد عشر الفائزين في عدد الأصوات لبقية المدة.

وحسب المادة العاشرة ينتخب أعضاء الهيئة في أول اجتماع لهم من بينهم رئيساً لهم ونائباً للرئيس وتوزع المهام بين الأعضاء بقرار من أغلبية أعضاء الهيئة ،على أن يعاد انتخاب رئيس الهيئة ونائبه كل سنتين ونصف، وفي حالة خلو منصب رئيس الهيئة لأي سبب من الأسباب يحل محله نائبه  حتى ينتخب أعضاء الهيئة رئيساً خلفاً له