ويتضح من مهام تلقي البلاغات والشكاوى انها تتكون من المراحل التالية:

• مرحلة الاستقبال والتوثيق .
• مرحلة الدراسة والتحليل .
• إحالة البلاغات والشكاوى (بناء على نتائج الدراسة) .

مرحلة المتابعة .وينبغي التنويه هنا إلى أن الآلية لا تشمل الإجراءات التي تتخذها القطاعات تجاه البلاغات والشكاوى التي تحال إليها فهذه الإجراءات متنوعة بحسب نوع الشكوى أو البلاغ كما أنها متعددة فمنها النزول الميداني المفاجئ ومنها طلب الملفات والأوليات ومنها أستدعاء المعنيين ، ومنها جمع المعلومات وإجراء التحريات ، ومنها التحقيق مع من تشير النتائج تورطهم في قضية من قضايا الفساد ، كما تقوم الهيئة بمتابعة الإجراءات والجهات القضائية بعد انتهائها من التحقيق فيها ووفق ما يقرره مجلس الهيئة الذي لا بد أن يطلع على نتائج الإجراءات التي تتخذها القطاعات تجاه البلاغات والشكاوى التي تتلقاها الهيئة .كما أن الإحالة تتم إلى الشخص المعني  بحسب اختصاصاتها وبناء على نوع البلاغ أوالشكوى .كذلك يجب التنويه إلى أن السرية محاطة بالبيانات التي ترد إلى الهيئة وذلك وفقاً لما أوجبه القانون ولضمان عدم الإشارة إلى المبلغين ومقدمي الشكاوى ، وهذا الإجراء ضمن إجراءات عديدة تتخذها الهيئة لحماية المبلغين ومقدمي الشكاوى