حسب المادة الثامنة من القانون رقم 39 لسنة 2006 بشأن مكافحة الفساد تتولى الهيئة ممارسة المهام والاختصاصات الآتية:

- إعداد وتنفيذ السياسات العامة الهادفة إلى مكافحة الفساد.

- وضع إستراتيجية وطنية شاملة لمكافحة الفساد وإعداد وتنفيذ الآليات والخطط والبرامج المنفذة لها.

- اتخاذ التدابير الكفيلة بمشاركة المجتمع المحلي ومنظمات المجتمع المدني في التعريف بمخاطر الفساد وآثاره على المجتمع وتوسيع دور المجتمع في الأنشطة المناهضة للفساد ومكافحته.

- دراسة وتقييم التشريعات المتعلقة بمكافحة الفساد لمعرفة مدى فعاليتها واقتراح مشاريع التعديلات لها لمواكبتها للاتفاقيات والمعاهدات الدولية التي صادقت عليها الجمهورية أو انضمت إليها.

- تلقي التقارير والبلاغات والشكاوى بخصوص جرائم الفساد المقدمة إليها ودراستها والتحري حولها والتصرف فيها وفقاً للتشريعات النافذة.

- تلقي إقرارات الذمة المالية .

- التحقيق مع مرتكبي جرائم الفساد وإحالتهم إلى القضاء.

-  تمثيل الجمهورية في المؤتمرات والمحافل الدولية المتعلقة بمكافحة الفساد.

- التنسيق والتعاون مع الدول والمنظمات الدولية والإقليمية والعربية ذات الصلة بمكافحة الفساد والمشاركة في البرامج الدولية الرامية إلى منع الفساد.

- التنسيق مع كافة أجهزة الدولة في تعزيز وتطوير التدابير اللازمة للوقاية من الفساد وتحديث آليات ووسائل مكافحته.

- التنسيق مع وسائل الإعلام لتوعية المجتمع وتبصيره بمخاطر الفساد وآثاره وكيفية الوقاية منه ومكافحته.

- جمع المعلومات المتعلقة بكافة صور وأشكال الفساد والعمل على إيجاد قواعد بيانات وأنظمة معلومات وتبادل المعلومات مع الجهات والمنظمات المعنية في قضايا الفساد في الداخل والخارج وفقاً للتشريعات النافذة.

- اتخاذ الإجراءات والتدابير اللازمة لاسترداد الأموال والعائدات الناتجة عن جرائم الفساد بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة.

- دراسة وتقييم التقارير الصادرة عن المنظمات المحلية والإقليمية والدولية المتعلقة بمكافحة الفساد والإطلاع على وضع الجمهورية فيها واتخاذ الإجراءات المناسبة حيالها.

- اتخاذ كافة الإجراءات القانونية اللازمة لإلغاء أو فسخ أي عقد تكون الدولة طرفاً فيه أو سحب امتياز أو غير ذلك من الارتباطات إذا تبين أنها قد أبرمت بناءً على مخالفة لأحكام القوانين النافذة وتلحق ضرراً بالصالح العام وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة قانوناً.

-رفع تقارير موحدة كل ثلاثة أشهر عن ما قامت به من مهام وأعمال إلى رئيس الجمهورية ومجلس النواب.

- إعداد مشروع موازنتها وإقرارها ليتم إدراجها رقماً واحداً ضمن الموازنة العامة للدولة .

-  إعداد حسابها الختامي لإدراجه ضمن الحساب الختامي للموازنة العامة للدولة.

- أي مهام واختصاصات أخرى تناط بها وفقاً للتشريعات النافذة.

تدابير تشريعية:

حسب المادة (20) من القانون رقم 39 لسنة 2006 بشأن مكافحة الفساد تقوم الهيئة بالتنسيق مع الجهات المختصة بدراسة وتقييم واقتراح تطوير التشريعات العقابية المتعلقة بجرائم الفساد من الناحيتين الإجرائية والموضوعية لمواكبة أحكام اتفاقية الأمم المتحدة لمكافحة الفساد وتقديمها لمجلس النواب لمناقشتها وإقرارها وفقاً للإجراءات الدستورية، كما تقوم بالدراسات حول إنشاء محاكم إدارية مختصة وإيصاء الجهات ذات العلاقة بإنشائها وفقاً لأحكام القوانين ذات العلاقة، إضافة إلى قيامها وفق المادة (21) بدراسة وتقييم واقتراح تطوير نظم التوظيف وتقديمها للجهات المختصة للأخذ بها.

كما تقوم الهيئة وفق المادة (22) بالتنسيق مع الجهات المختصة بدراسة وتقييم وتطوير النظم المالية ونظم المشتروات والمناقصات والمزايدات الحكومية ونظم إدارة الموارد والاستخدامات والممتلكات العامة وتطوير آليات الرقابة بمختلف أنواعها ومعايير المحاسبة والمراجعة المحاسبية بما يكفل حسن إدارة المال العام والممتلكات العامة وضمان حمايتها والحفاظ عليها، إضافة إلى قيامها وفق المادة (23) بالتنسيق مع الجهات المختصة في الحكومة والجهات المعنية في القطاع الخاص بدراسة وتقييم وتطوير النظم والتدابير المتعلقة بالقطاع الخاص.